潔凈室的氣流是影響潔凈室性能的重要因素。一般潔凈室的氣流速度在0.25-0.5m/s之間，屬于微風區，容易受到人和機器動作的干擾。雖然提高風速可以抑制這種擾動的影響，保持潔凈度，但風速的提高會影響運行費用的增加。因此，當達到要求的潔凈度水平時，應以最合適的風速向以下位置送風
另一方面，為了達到潔凈室潔凈度的穩定效果，保持均勻的氣流也是一個重要因素。如果不能保持均勻的氣流，就說明風速不一樣，特別是在墻面上，氣流會沿著墻面打旋，這個時候要達到高潔凈度其實是很難的。
為了在垂直層流方向上保持均勻的氣流，有必要：(a)吹送空氣的速度不應有差異；(b)地板回風板吸力面的風速不得不同速。速度過低或過高(0.2m/s、0.7m/s)時會產生渦流，而0.5m/s時氣流相對均勻(21世紀80、90年代)，一般潔凈室的風速在0.25-0.5m/s之間。
影響潔凈室氣流的因素很多，如工藝設備、人員、潔凈室裝配材料、照明燈具等。同時，還應考慮生產設備上方氣流的分流點。
一般操作臺或生產設備表面的氣流分流點應位于潔凈室空間與隔板距離的2/3處，使氣流從工藝區內部流向操作區，帶走粉塵。如果分流點布置在工藝區的前面，就會變成氣流分流不當。此時大部分氣流會流向工藝區后面，操作者操作產生的粉塵會被帶到設備后面，從而污染工作臺，成品率必然下降。
房間內無塵工作臺等障礙物會在連接處產生渦流現象，周圍的潔凈度會相對較差。在工作臺上鉆回氣孔將渦流現象降到最低。組裝材料的選擇是否合適，設備的布局是否完善，也是氣流是否成為渦流現象的重要因素。
